세무조사라고 하여 반드시 거액의 세금을 이유 없이 추징하는 것이 아니므로 세무조사 통지를 받은 경우 당황하지 말고 기장 및 세무자문
을 하고 있는 담당 세무사나 회계사와 미팅을 하고 세무조사 준비를 하는 것이 가장 좋은 방법이다.
학원업의 세무조사에 대한 대비방법은 아래와 같다. 

1. 철저한 자료준비
세무공무원들이 주로 검토하는 자료들을 사전에 준비하여 조사에 차질이 없도록 하는 것이 중요.
 가. 학원의 수입 및 지출을 기록한 장부
 나. 수강생 대장현황
 다. 사업용계좌의 정리 : 불명확한 입출금 금액에 대해 체크 후 소명준비
 라. 세금계산서, 현금영수증, 신용카드매출전표 등 증빙자료
 마. 각종 계약서

2. 세무대리인과 협의 및 동참
세무조사통지를 받은 경우 학원장은 세무대리인과 연락을 해서 미팅 및 상담을 하는 것이 반드시 필요하다. 납세자는 세무조사시 세무대리인의 조력을 받을 권리가 있으며, 세법은 전문분야이므로 학원장 및 학원담당자가 세무공무원을 직접 상대하는 것보다는 전문가인 세무대리인을 통해 함께 조사를 받는 것이 필요하다.

3. 성실하고 협조적인 대응
세무조사 과정 중 세무공무원의 요청자료 및 질문에 성실하고 친절한 태도로 응하는 것이 필요하다.
불필요한 적대감 및 비협조는 세무조사기간 연장 및 세무조사강도 등 불이익을 유발할 수 있다.